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轉錄組是特定物種、組織或細胞在特定生理狀態下轉錄的所有 RNA 的集合，包括 mRNA 和 ncRNA, 其中 lncRNA（long non-coding RNA）是一類長度超過 200nt 的 ncRNA，通過多種方式在表觀遺傳、轉錄及轉錄后水平發揮調控作用。全轉錄組測序在研究 mRNA 的同時，能夠發現大量的 lncRNA，并對其表達水平和轉錄本結構進行分析。當進一步開展 lncRNA 與 mRNA 的關聯分析時，就可以深入研究 lncRNA 的調控網絡。
樣本處理： 超過 200 種樣本的 RNA 抽提經驗；易降解樣本、微量樣本的抽提解決方案；
文庫構建： 兼容組織、細胞、FFPE、血漿、外泌體等特殊樣本的建庫能力；
質控管理：ISO9001 認證，Illumina CSPro 認證；
數據分析： 學術界權威的算法和流程；針對 mRNA、lncRNA 和 circRNA 的全面分析；靈活的定制分析。
樣本類型：total RNA
樣本總量：≥2μg
樣本濃度：≥50 ng/ul
案例一
肝細胞癌（HCC）是人類惡性腫瘤常見且具侵襲性的疾病之一。HCC 細胞會侵入靜脈系統，進而引發門靜脈腫瘤血栓疾病 PVTT。有研究表明 lncRNA 與 HCC 的發生相關，但目前缺乏 lncRNA 與 HCC 轉移機制的關聯綜合分析。
清華大學聯合上海東方肝膽醫院對 20 個肝癌病人的 60 個臨床樣本進行了 RNA-Seq 分析，共鑒定到了 8603 個新的 lncRNA。其中 917 個 lncRNA 在 TCGA 數據庫以及發表的肝癌數據庫中找到相關信息，235 個 lncRNA 存在 CNVs 和 DNA 甲基化變化。利用統計學的方法對腫瘤與 PVTT 的 lncRNA 表達模式進行了統計，結果發現，原發灶的 lncRNA 和正常組織相比表達量遠比轉移組織 lncRNA 的差異大得多，且與 lncRNA 共表達的基因大多富集在細胞粘著、免疫反應以及代謝過程等通路上。研究人員通過對肝癌細胞的 lncRNA 轉錄組測序，CNV 分析及甲基化檢測，確認了在肝癌細胞中新的 lncRNA 同樣具有作為生物標志物的潛在價值。
Yang Yang, Chen Lei, Gu Jin et al. Recurrently deregulated lncRNAs in hepatocellular carcinoma.[J] .Nat Commun, 2017, 8:14421.
案例二
哺乳動物基因組中包含有約 23,000 個編碼基因，對這些相對有限的蛋白編碼基因進行選擇性剪切，能夠確保生成數量上至少 10 倍以上的蛋白質。通過改變 RNA 轉錄物的加工方式，將轉錄物的每個蛋白質編碼部分或是剪除或是留下，形成了不同的成熟信使 RNAs，也就是進行選擇性剪切可導致蛋白質的多樣性。因此，一個基因可以以一種組織特異性或發育階段特異性的方式生成多個蛋白質變異體（異構體）。了解腫瘤發生過程中的剪接因子及其剪接事件將有助于研發新的靶向治療方法。
研究人員采取傳統的反向遺傳學研究思路，首先對臨床肝癌病人的生存率和 mbnl3 表達量進行了關聯分析。對 MBNL3 在肝癌細胞中的表達機制進行研究，結果發現肝癌細胞系以及臨床樣本中 MBNL3 的高表達是由 OCT4，SOX2 以及 NANOG 這三個轉錄因子調控的。對 MBNL3 的表型進行研究，結果顯示 MBNL3 敲降的肝癌細胞系癌細胞的生長顯著受到抑制。利用 RNA-seq 等技術對 MBNL3 調控肝癌發生的具體分子機制進行了深入研究，結果發現 MBNL3 的過表達會導致 lncRNA-PXN-AS1 第四個外顯子顯著富集，lncRNA-PXN-AS1 不同的剪切體 PXN-AS1- L 以及 PXN-AS1- S 對 PXN 具有相反的調控作用。該研究從性狀到基因定位，再到表型觀察繼而分子機制研究，完美地詮釋了反向遺傳學研究的精髓。
Yuan Ji-Hang, Liu Xiao-Ning, Wang Tian-Tian et al. The MBNL3 splicing factor promotes hepatocellular carcinoma by increasing PXN expression through the alternative splicing of lncRNA-PXN-AS1.[J] .Nat. Cell Biol., 2017, 19: 820-832.
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