從 IPA 的 pathway 富集結果中不僅可以看到 pathway 的富集顯著性,并且可以得到 pathway 的激活抑制的信息。
IPA—Canonical pathways analysis 介紹
通過 IPA 的 Ingenuity? Knowledge Base 數(shù)據(jù)庫,進行 Fisher 高精度檢驗得到具有顯著性意義的 pathway。運用客戶特定的實驗結果來計算每個 pathway 的 z -score 值預測 pathway 激活或者抑制。
1、差異 mRNA 或者關注的 mRNA 基因集;
2、物種限于人,大鼠,小鼠;
3、每個基因有對應的差異倍數(shù)。
1、圖片格式:pathway 柱狀圖;
2、文本格式:pathway 的富集結果。
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