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Illumina DNA 甲基化在調節基因表達中起著重要作用，細胞 DNA 甲基化狀態的變化與衰老，發育和疾病病理有關。這十多年來，Illumina 為研究人員提供了由 BeadArray TM 技術驅動的基于微陣列的強大工具，以定量分析整個基因組的 DNA 甲基化。迄今為止，Infinium Human Methylation 450(450K) 和 Methylation EPIC v1.0 BeadChips (850k) 已被研究界用于推動表觀基因組范圍關聯研究 (EWAS) 的數據收集。這些甲基化芯片在癌癥研究、遺傳疾病、衰老和分子流行病學領域中實現了基于甲基化的生物標志物的發現和應用。在此基礎上，Illumina 推出了新一代的升級版甲基化芯片 Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip(935k)，建立在相同可靠的 Infinium 化學基礎之上，更新優化了許多甲基化位點，以期在表觀遺傳學 研究的新時代有更多的生物學發現。Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip Kit（935K）是一種全基因組甲基化篩選工具，靶向人類甲基化組最具生物學意義的區域中超過 935,000 個 CpG 位點，同時在其前代產品 MethylationEPIC v1.0（850k）的基礎上極大的提高了向后兼容性。該芯片保留了以單核苷 酸分辨率定量分析全基因組 CpG 的能力，同時提供高度準確和精確的甲基化測量，不受測 序深度的影響。可使用精簡、用戶友好的 Infinium 甲基化檢測分析多種 DNA 樣本類型，包 括從 FFPE 分離的 DNA 樣本。與其他方法相比，MethylationEPIC v2.0 具有可擴展性和更低 的單個樣本總成本，因此可用于探究疾病機制和生物標志物的篩選。
Illumina 甲基化（450K、850K、935K）芯片， 三種芯片位點比較如上圖
上表：是 935k 芯片探針的基因組區域覆蓋情況
1、全基因組覆蓋，CpG 位點升級
Illumina EPICv2.0-935K 芯片可檢測人全基因組約 935,000 個 CpG 位點的甲基化狀態， 在 850K 的基礎上去除了性能不佳的探針：
（1）新增 186,000 個 CpG 靶向增強子和超級增強子；
（2）更多 CTCF 結合位點、CNV 檢測區域、EPIC v1.0 覆蓋不足的 CpG 島以及常見癌癥驅動突 變 ；
（3）還 增加了經 ATAC-Seq 和 ChIP-Seq 實驗鑒定的與腫瘤有關的染色質開放區域 ；
（4）此外， 基因組版本更新到 hg38 以及 GenCode 數據庫 v41 版本 ，是更適合用于表觀基因組全關聯 分析研究（EWAS）的一款芯片。
2、兼容多種樣本類型，包括 FFPE
FFPE 組織樣本可獲得高質量數據，FFPE 兼容性對于癌癥研究極為重要，能夠支持以大型腫瘤生物樣本庫為基礎的研究。
935K 芯片檢測兼容樣本：
（1）FFPE
（2）新鮮 / 冷凍組織；
（3）全血；
（4）口腔細胞；
（5）cfDNA；
（6）唾液；
（7）其他樣本類型。
3、高度準確和精確的檢測數據
935K 甲基化芯片檢測能夠檢測到 0.2 的 beta 值差異，假陽性率低于 1%，從而實現了較 高的分析靈敏度，同時也具有極好的數據可重現性。如下圖（A）935K 芯片技術重復相關 性 R2>0.99（B）935K 芯片和 850K 的交集探針間的相關性 R2>0.99。（C）935K 芯片數據 與甲基化測序（100×測序深度）的相關性 R 2>96%。
1、成熟的服務平臺：穩定而系統的芯片實驗全面解決方案，可為客戶提供總 DNA 抽提、樣品質檢、RNA 標記、雜交、洗脫、圖像掃描、數據分析。
2、多樣化的服務內容：提供芯片和測序兩種高通量檢測技術以及低通量檢測技術 RT-PCR。
3、專業的實驗人員：從 DNA 抽提到芯片雜交均配有專業的實驗人員，豐富的芯片操作經驗，確保芯片實驗順利完成。
4、專業的分析團隊：實戰經驗豐富的分析團隊，除能快速完成基礎分析外，還能根據客戶需求完成個性化分析，提供各類高大上的圖表。
伯豪生物在甲基化芯片檢測方面積攢了大量的項目經驗，處理過各種類型的人類樣本，包括血液，組織和 FFPE 樣本等超過 1000 例。大項目經驗豐富，服務過幾十個單個項目在 50 萬以上的客戶，無論從項目的方案設計，數據分析等方面都給客戶提供了強有力的支持。目前服務的表觀研究方向的客戶，發表文章最高的 JCO（IF>20）上，累計影響因子超過 150。
935K 芯片是 850K 芯片的升級版，具有以下優勢：
（1）全面的基因組覆蓋范圍：檢測 > 935,000 個 CpG 位點，全面覆蓋 CpG 島、啟動子、編碼區及增強子。
（2）探針位點的全面優化：在 EPICv1.0-850K 的基礎上去除了性能不佳的探針，新增 186,000 個 CpG 靶向增強子和超級增強子、更多 CTCF 結合位點、CNV 檢測區域、EPIC v1.0 覆蓋不足的 CpG 島以及常見癌癥驅動突變。
（3）兼容多種樣本類型，包括 FFPE。
（4）高質量的數據：沿用了 450k 芯片的 Infinium 技術，同時采用 Infinium I 及 II 探針設計，使檢測范圍最大化。
（5）分辨率高：單堿基分辨率，可以直接檢測到發生甲基化的準確位點。
（6）可重復性高：自身技術重復間的相關性以及與 850K 相同探針間的相關性 R2 > 0.99。
935K 芯片是 850K 芯片的升級版，應用領域（醫口方向）：
（1）腫瘤；肺癌，食管癌，膠質瘤，白血病等；
（2）復雜疾病：糖尿病，高血壓，免疫性疾病，抑郁癥等；
（3）發育：胚胎發育，神經分化，器官分化等；
（4）環境互作：同性戀，PM2.5，鉛污染，吸煙，孕期暴露等；
（5）早篩：腫瘤早篩標志物，復發標志物，預后標志物；
（6）衰老。
樣品類型：組織、細胞、基因組 DNA
樣品純度：OD 260/280 值應在 1.7～2.0 之間；RNA 應該去除干凈；不得有其它個體或其它物種的 DNA 污染。
樣品濃度：濃度不低于 50ng/μl；
樣品總量：每個樣品總量不少于 500ng。
樣品溶劑：溶解在 TE 中。
樣品運輸：DNA 低溫運輸（-20℃）；在運輸過程中請用 parafilm 將管口密封好，以防出現污染。
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